生物物理計算化学者の雛

主に科学に関する諸々を書き留めています。

VAIO Pro 11 を注文―VAIO Pro 13, Duo 13との比較結果―

先日書いたように(新作VAIO(Pro 13, Duo 13)をVaio Z (Z11) と比較)、先行情報から分かる範囲で検討した結果 VAIO Pro 13 を買う気マンマンだったのですが、最終的に VAIO Pro 11 を発注してしまいました。スペックは VAIO Pro 11 最安構成(Core i5-420…

新作VAIO(Pro 13, Duo 13)をVaio Z (Z11) と比較

Intelの新世代CPU(Haswell)搭載ノートPCの新作として、ソニーからVAIO Pro 11, 13, Vaio Duo 13 が発表されました。ソニー VAIO Duo 13発表。Duo 11と重さ同等で13インチ画面の改良版 Sony Unveils VAIO〓 Duo 13 and VAIO〓 Pro 13/11 Ultrabook〓現…

競馬でのオッズの決め方と、オッズからの支持率・還元率の見積もり

前回記事 オッズから還元率(控除率)と各選択肢の当選率を見積る に引き続き、今回は実際の競馬のオッズから還元率を計算してみました。競馬でのオッズ計算がどのようにされているのかを調べてみたところ、さすがに前回記事のような単純な計算手順ではあり…

オッズから還元率(控除率)と各選択肢の当選率を見積る

競馬・競輪・競艇といった公営ギャンブルでは、選択肢に対する予想が当たった時に購入金額の何倍が帰ってくるのかがオッズとして示されます。海外では「ブックメーカー」と呼ばれるギャンブルを主催する会社があり、例えば先日ニュースになっていましたが「…

「メガソーラー門前払い」って表現はどうなのよ

原発事故以来、固定価格買取制度による再生可能エネルギー(太陽光、風力等)開発が推進されています。太陽光発電に関しては、低価格で広大な土地を確保可能な北海道においてソフトバンク等の営利企業がメガソーラー申請に殺到しており、北海道電力が売電申…

Altキーを押しながらマウスドラッグで列選択(縦方向の選択)が可能

多くのテキストエディタ(terapad, Microsoft Word, Microsoft Visual Studio等)では、Altキーを押しながらマウスドラッグすることで列方向(縦方向)の選択を行うことが可能です。 (ただしWindows7標準のメモ帳ではできません) これを使うと以下のように…

プロポーショナルフォントを縦に並べるとずれて見栄えが悪いので注意

フォントは文字ごとに文字幅が異なるプロポーショナル(可変幅)フォントと全ての文字が等しい文字幅の等幅(固定幅)フォントに分けることができます。Windows環境でよく使う「MS ゴシック」「MS 明朝」フォントは固定幅フォントであり、「MS Pゴシ…

日本国内で誰が借金を抱えているのかを調べてみた

私は以前からはてなブックマークで経済関連の記事を読んで、様々な経済問題に興味を持ってきました。数年前から見かけるようになったリフレ策(デフレ克服のために資金供給を増やしてインフレに復帰させれば良い)については、なんとなくですが理にかなって…

Windows7マシンでホスト名―IPアドレスを関連付けする

Windows7マシンからftp, sftp, telnet, ssh 等で他のマシンに接続する際にはIPアドレスが必要です。インターネット越しに接続する場合はDNSによるホスト名→IPアドレス変換が入るため問題ないのですが、ローカルネットワーク内部のマシンに接続する際は…

C言語のprintf文の出力フォーマット使い方例

C言語のprintf文は出力フォーマットを柔軟に指定することができるので、使いこなせると便利です。知っておくと便利な例を下に記述します。特にsprintf関数はchar型配列に出力結果の文字列を渡すことができ何かと便利です。 #include <stdio.h> void main(){ int i1 =</stdio.h>…

Adobeはパッケージ版を廃止してクラウド課金モデルに一本化

以前記事にしたように(Adobe Creative Cloud の使い勝手)、私はAdobeのクラウド課金モデル Creative Cloud を利用しています。今日になってAdobeからパッケージ版の販売を終了して、クラウド課金モデルに一本化するというニュースがありました。 グッドバ…

JR切符の上手な使い方:途中下車、往復割引、回数券、学割、青春18きっぷ、金券ショップ

出張や帰省のために鉄道で移動することはよくあります。JRを使う場合、乗車券(切符)の買い方や使い方にちょっとした工夫をすることで、運賃を節約できるケースがありますので、把握しておくとよいでしょう。詳細はJRのサイト http://www.jr-odekake.ne…

adhesionとcohesionの違い

論文を読んでいて「adhesion and cohesion」という表現に出くわしました。どちらの単語も辞書的には「結合、接着、粘着」といった意味であり、違いは何だろう?という疑問が湧いたので調べたところ、ズバリの回答が英語で http://wiki.answers.com/Q/What_is…

マウス型スキャナを購入

キンギジム社から発売されているマウス型スキャナを購入しました。KING JIM マウス型スキャナ ブラック MSC10クロ出版社/メーカー: キングジム発売日: 2012/11/02メディア: Personal Computers購入: 7人 クリック: 518回この商品を含むブログ (8件) を見る …

解析解と数値解

数学的な問題の解は大きく「解析解」と「数値解」に分けられます。例えば「サイコロを2個振って両方とも1が出る確率を求めよ」という問題を考えます。解析解は理論的・代数的に算出できる解であり、確率の知識があれば「1が出る確率は1/6であり、2回とも…

15打席連続出塁を達成する確率をシミュレートしてみた

R

4/26の広島―中日戦で広島の廣瀬純選手が15打席連続出塁の日本記録更新を行いました。 http://blog.livedoor.jp/yakiusoku/archives/53936692.htmlこの記録がどの程度達成困難な偉業であるかを統計解析プログラム「R」によってシミュレートして確認してみま…

マイレーザーポインタを購入しておこう

研究者であればレーザーポインタを使う機会が多いです。学会の口頭発表であればレーザーポインタが用意されていることが多いですが、電池切れで途中で使えなくなることもあります。 授業であれば多くの場合自分のレーザーポインタを用意する必要があります。…

WindowsとLinuxの改行コード変換

WindowsとLinux(とOS9以前のMac)では改行コードが以下のように異なります。 OS 改行コード 文字コード Windows CR+LF \r\n Linux LF \n Mac (OS9以前) CR \r Linux上でプログラムを実行する際に、入力ファイルの文字コードがWindowsのものになっていると…

パワーポイントで縁取り文字を作成する

研究を説明する絵を作成する際に、普通に文字を絵に重ねると見づらくなってしまうことが多々あります。そんな時は文字を縁取りすると見やすくなります。 「文字の効果―光彩」による縁取り パワーポイントの「文字の効果―光彩」機能を使うと、縁取りを簡単に…

文献管理クラウドサービスMendeley

研究を進める上で大量の論文・文献を管理する必要があります。 その際に便利なクラウド上のサービスであるMendeleyを紹介します。クラウドサービスであり、ブラウザから Mendeleyのサイト にユーザ登録しアクセスすることで利用できます。PC上のOS(Windows…

今日から使える統計解析 大村平著

ほとんど統計解析の知識がなかった数年前に初めて買った統計解析の本を紹介します。今日から使える統計解析 (今日から使えるシリーズ)作者: 大村平出版社/メーカー: 講談社発売日: 2005/08/10メディア: 単行本 クリック: 2回この商品を含むブログ (7件) を見…

C言語でいろいろなフォーマットのテキストファイルを読むプログラム例

C言語でテキストファイルに書き込まれているデータを読み込むプログラムの例をいくつか記述しておきます。fscanf()関数を使うと楽に記述できるケースもありますが、思い通りに fscanf() が動作してくれないことがありますので、ファイルから1行ずつ文字列…

2013年度 分子シミュレーション関連学会日程

2013年度の分子シミュレーション分野に関連する国内学会の日程をまとめておきます。 (随時更新します) 第16回理論化学討論会 2013年5月15日(水)〜17日(金) 福岡市健康づくりセンター(あいれふ) 第13回日本蛋白質科学会年会 2013年6月12日(水)〜14…

水の第4の相

ギズモードでやや釣りっぽいタイトルの記事 南極で未知の存在「第4の重い水」が発見される! がありました。 実際は南極大陸沿岸の3か所で生成される南極低層水に関して、これまで未知だった第4の生成ポイントが見つかったという内容でした。今回はこの記…

Linux起動時のドライブマウント失敗エラーに対処する

Linuxマシン起動時にドライブ故障やNFS設定ミス等のため、/etc/fstabに記述されているドライブのマウントに失敗して起動しない場合があります。 システムドライブが故障した場合は物理的にドライブ交換をするしかありませんが、それ以外のドライブであれ…

edX 7.00x 生物学入門 Week1 の内容

edX

先週登録したedXのコース「7.00x Introduction to Biology - The Secret of Life」の講義第一週目(Week 1)を受け終わりました。 Lecture 1: Introduction to Biology(生物学入門) 最初のレクチャーでは「この授業で何を学習するのか」が解説されました。…

日本は原発に賭けた。そして負けた。

福島原発事故以来、現在・今後の電気供給における原発の立ち位置について賛否両論が繰り広げられています。 電気屋が語る「電気は足りていません」の呟き 物理屋が語る『電気屋が語る「電気は足りてません」の呟き』は足りてません オイルショックを機に原発…

edXに登録して授業を受けてみた:ハーバード・MITが運営するオンライン学習プロジェクト

edX

ハーバード大学、MIT(マサチュセッツ工科大学)が合同で運営しているオンライン学習プロジェクトedXに登録しました。 参考: ハーバード大とMITがコースをオンラインで提供するedXプロジェクトメールアドレスがあれば登録でき、費用は一切かからず無料です…

リスク込みで年利10%月5万円の積み立てを何年間継続すれば1億円になるかシミュレートしてみた

R

前回記事 リスクの影響考えて年利10%で月5万円の積み立てを30年間継続して得られる資産をシミュレートしてみた に引き続き、今度はリスク込みの運用で年利10%、毎月5万円積立で1億円達成に何年かかるのかをシミュレートしてみました。 運用シミュレーシ…

web検索を活用して適切な英語表現・英文を調べる

研究者は研究成果を論文として発表することで世に公表します。 理系の多くの分野では、英語の査読付き雑誌に発表された論文のみが評価の対象とされますので、否応なしに英語で論文を書く必要があります。 web検索を活用する 日本語が母国語である以上、多く…

熱気球の浮力と耐熱温度

エジプトでの熱気球の炎上墜落事故がありました。 熱気球はどの程度高い温度で使われているのか気になりましたので、熱気球の浮力と耐熱温度について調べてみました。 熱気球の浮力の計算 熱気球は空気を貯める「球皮」があり、そこに人が載る「バスケット(…

超臨界水の構造

高温高圧条件での水の超臨界状態をシミュレートしたMD動画を作成しました。(温度400℃、密度0.3g/cm^3) 超臨界水とは何か? 液体の水を加熱していくと常圧条件下であれば沸点100℃で水は沸騰して気体の水蒸気になり、水蒸気の体積は液体の水と比べ1000倍以上…

リスクの影響考えて年利10%で月5万円の積み立てを30年間継続して得られる資産をシミュレートしてみた

R

某ファンドが月5万円の積み立てを年利10%で30年間行えば1億円になるという件で盛り上がっています。 http://kirik.tea-nifty.com/diary/2013/02/post-b4a9.htmlこのリンク先にあるように、毎年10%の利回りを継続できれば、毎月5万円の積み立てで30年後には…

ノートPCでのトリプルディスプレイを実現する条件

研究を行う上で複数ディスプレイを利用することは、数多くの情報(例えば論文のPDF、Excelデータシート等)を一覧表示させることができるため極めて有用です。デスクトップPCであればビデオカードを必要なだけ増設すれば好きなだけディスプレイを増やせます…

分子シミュレーション実行時には光学異性(キラリティ)に気を付ける必要あり

炭素原子にそれぞれ異なる4つの原子・置換基が結合すると、その炭素原子はキラル中心(不斉中心)と呼ばれます。 キラル中心が1つだけ存在する分子は、右手と左手のように重ね合わせることができない光学異性体(R体/S体、互いの関係はエナンチオマーと呼…

Office2013を購入

Office2013アカデミック版を購入してきました。 アカデミック版の認証は、レジで大学の身分証を見せればOKでした。Office2010まではインストール用のCD/DVDが同梱されていましたが、Office2013ではプロダクトキーの書かれた紙と、簡易な説明書が入っているだ…

分子構造可視化プログラムQuteMol

タンパク質等の分子構造をキレイに描画できるプログラムQuteMolを紹介します。http://qutemol.sourceforge.net/Windows、MacOS X に対応しています。 分子構造の入力はPDBフォーマット形式です。 多彩な描画形式 RCSB の David S. Goodsell博士が解説する今…

A0ポスターをコンパクトに持ち運ぶ方法

最近、学会のポスター発表では多くの人がA0サイズの大きなポスターを貼っています。 普段よく使うA4サイズの紙をポスターとして使うよりも、A0サイズであれば大きな絵を載せることができ、ポスターの見栄えがかなり良くなりますので人気が出ているので…

Illustratorで回転を表すリボンのような立体感のある矢印を描画する

分子の二面角の回転等、軸の周りを回転することを描画したいケースがあります。 この場合、リボンのような立体感のある矢印が見やすくてよいです。 Adobe Illustrator CS6 での描画手順を解説します。

結晶構造描画ソフトVESTA

結晶構造や電子密度等を可視化するフリーのソフトウェアVESTAを紹介します。 Windows、Mac OS、Linux版があります。http://jp-minerals.org/vesta/jp/CIF, PDB, Chem3D, XMol, VASP等の多彩な構造データファイルの読み込み・書き出しが可能です。 以前は有償…

Youtube MD動画再生数から計算化学(基礎科学)が盛んな国を見る

3年半ほど前にYoutubeにアップロードした水のMD動画の再生数が1万再生近くまで増えてきました。 MD計算の動画を見る人というのは、基礎科学の一分野である計算化学に関連のある人が多いでしょうから、再生数が多い国ほど基礎科学が盛んな国であろうと推測…

セシウムを固定する粘土バーミキュライトの構造

福島県が 「放射性セシウム濃度の高い米が発生する要因とその対策について~要因解析調査と試験栽培等の結果の取りまとめ~ (概要)」という資料 を公表したことを紹介する記事がありました。米の放射性セシウム数値が示す農家の努力、科学者の献身この記事中で…

なぜ凝固点降下・沸点上昇なのか

液体に不揮発性の溶質を溶かすと、凝固点は降下し、沸点は上昇します。 例えば水に塩を溶かすと、凝固点は±0℃から−0.2℃のように下がり、液相の状態をより低い温度でも保つようになります。今回はなぜ逆の「凝固点上昇・沸点降下」ではなく「凝固点降下・…

実行中プログラムの一時停止、再開

シミュレーション実行は場合によっては数週間・数カ月という長時間が必要となります。 その実行中のマシンで他のプログラムを短時間だけ使いたい、という状況は複数人でマシンをシェアしている場合にはよく起こります。 その場合、実行中プログラムを一時停…

防災デスクライトを購入

電器店で眺めていたら、良さそうな防災デスクライトがあったので購入しました。ソーラー充電式FMラジオ付きデスクライト ソーラー&手回し&USB充電&USB出力可能(iPhone4対応) ダイナモ懐中電灯出版社/メーカー: mobeeメディア: 購入: 4人 クリック: 21回…

立体的な二次元Gauss分布っぽい絵をIllustratorで作成する

前回のレーザー原理解説の説明に使った絵は全てIllustratorで作成したものです。 その中で、状態の存在確率を二次元Gauss分布(正規分布)的な絵で表現していましたが、その絵の作成手順を説明しておきます。 なおこの作業はIllustrator CS6で行いました。 …

負の温度(反転分布)を利用したレーザー発振の原理

負の温度(過去記事 絶対温度0度以下の温度って?、マイナス絶対温度を実現した元論文のアブストラクト抄訳&解説)が話題になっていますので、実際に負の温度を利用しているレーザー発振の原理を解説します。 離散的な状態と、光子との相互作用 レーザー発…

マイナス絶対温度を実現した元論文のアブストラクト抄訳&解説

先日書いた簡単な解説(絶対温度0度以下の温度って?)が多くの方に読んでいただけていますので、追加の解説をしておきます。このような科学記事をきちんと理解したいならば、最も重要となるのは「元論文に当たる」ことです。 Scienceの論文(英語) という…

Adobe Creative Cloud の使い勝手

月額固定料金(個人5,000円、アカデミック4,000円)でAdobeのIllustrator, Photoshop, Premiere, After Effects 等全てのCreative Suite CS6 プログラムを利用できるAdobe Creative Cloudを契約して数カ月経ちましたので、使い勝手を書いておきます。 (2013…

絶対温度0度以下の温度って?

Natureに絶対温度0度以下の温度を実現したという記事があり、話題になっているので少し解説をします。絶対零度より低い温度がある (togetter) 絶対零度以下の作成に成功(Nature記事の和訳) Natureの記事(英語) Scienceの論文(英語) 1/7 12:12追記マ…