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生物物理計算化学者の雛

主に科学に関する諸々を書き留めています。

CentOS6.2, CentOS6.4へのRインストール

R Linux

CentOS 6.2マシンへのRインストールに結構手こずったので、インストール手順を記録しておきます。
(2014/6/11追記)CentOS 6.4マシンにも同様にインストールできました。


Rはデフォルトではyumによるインストールはできず、epelからインストールする必要があります。

rpm -Uvh http://ftp.jaist.ac.jp/pub/Linux/Fedora/epel/5/x86_64/epel-release-5-4.noarch.rpm
yum install R

しかしながら、Rは旧バージョンのTCL/TK(8.4)を必要とするのに対し、CentOSには現在のバージョンである8.5が入っているため、インストールに失敗します。

Error: Package: R-core-2.15.0-1.el5.x86_64 (epel)
           Requires: libtcl8.4.so()(64bit)
Error: Package: R-core-2.15.0-1.el5.x86_64 (epel)
           Requires: libtk8.4.so()(64bit)

バージョン8.4のTCL/TKをインストールしようとしたのですが、以下のエラーメッセージのようにバージョン8.5のTCL/TKに依存するパッケージがあるというエラーがでてインストールに失敗します。

警告: tcl-8.4.13-4.el5.x86_64.rpm: ヘッダ V3 DSA/SHA1 Signature, key ID e8562897: NOKEY
エラー: 依存性の欠如:
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)tk-1:8.5.7-5.el6.x86_64 に必要とされています
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)expect-5.44.1.15-2.el6.x86_64 に必要とされています
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)tkinter-2.6.6-29.el6.x86_64 に必要とされています
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)environment-modules-3.2.7b-6.el6.x86_64 に必要とされています
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)tcl-devel-1:8.5.7-6.el6.x86_64 に必要とされています
        libtcl8.5.so()(64bit) は (インストール済み)wacomcpl-0.10.0-3.el6.x86_64 に必要とされています
        tcl(abi) = 8.5 は (インストール済み)tix-1:8.4.3-5.el6.x86_64 に必要とされています
        tcl = 1:8.5.7 は (インストール済み)tk-1:8.5.7-5.el6.x86_64 に必要とされています
        tcl = 1:8.5.7-6.el6 は (インストール済み)tcl-devel-1:8.5.7-6.el6.x86_64 に必要とされています

そこでこのエラーを無視して強制的に旧バージョンのTCL/TKをインストールし、それからRをインストールしました。
ただし、旧バージョンのTCL/TKのインストールを強制的に行ったため、他のTCL/TKを使用するソフトが動かなくなる可能性がありますので、注意が必要です。(今回はTCL/TKを使用しているプログラムの中に私が使いそうなものはなかったので、警告を無視しました)
最終的なインストール手順は以下の通りです。

# epel設定
rpm -Uvh http://ftp.jaist.ac.jp/pub/Linux/Fedora/epel/5/x86_64/epel-release-5-4.noarch.rpm
# バージョン8.4のTCL/TKをダウンロード
wget http://ftp.riken.jp/Linux/centos/5/os/x86_64/CentOS/tcl-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm
wget http://ftp.riken.jp/Linux/centos/5/os/x86_64/CentOS/tk-8.4.13-5.el5_1.1.x86_64.rpm
# --forceオプションを付けて強制的にインストール
rpm -ivh --force tcl-8.4.13-6.el5.x86_64.rpm
rpm -ivh --force tk-8.4.13-5.el5_1.1.x86_64.rpm

# Rインストール実行
yum install R