MD計算やMO計算を実行するための初期構造は単純な分子であれば自分の手で作成することも可能ですが、複雑な分子では手作業での作成は大変です。
そのような場合はデータベースからX線回折等の実験により得られた結晶構造を用いることになります。
生体高分子（タンパク質やRNA、DNA等）のデータベースProtein Data Bank (PDB)
タンパク質等の生体高分子のX線回折法で得られた結晶構造、NMR法で得られた溶液中の構造等が Protein Data Bank (PDB) （日本語版PDBj） に登録されています。
PDB形式で構造情報を取得することができます。
分子構造データベースChemDB
様々な化合物の立体構造を ChemDB の Chemical Search で検索して取得することができます。
以前にフラーレンの構造を探していてこのデータベースの存在を知りました。
構造情報はPDB形式でも得られますし、その他さまざまなフォーマットでもダウンロードできます。
その他データベース
その他にもいくつかデータベースがありますが、登録が必要であったりして使った経験がないので名前を挙げるだけにとどめます。
分子の結晶構造が登録されている。
無機化合物の結晶構造が登録されている。
金属や合金の構造データベース。
