3.11東北地方太平洋沖地震での福島原発事故以来原子力発電所が順次停止し、夏冬の需要ピーク期の電力供給が綱渡り状態となっています。 この状況を受けて環境アセスメントを迅速化することで、火力発電所の建設期間短縮を目指す動きが報道されています。 htt…

サーバ筺体・ベアボーンメーカーであるsupermicro社のウェブサイトに良さそうな新製品の情報が載っていました。 3Uサイズの筺体に12ノードを搭載できる製品であり、「Coming Soon」となっているので近いうちに発売開始されるようです。 各ノードの概要は以下…

ＭＤ計算結果等の動画を作成する際には、まず連番画像ファイルをbmpやpng等の形式で作成し、それを動画に変換します。 この変換はffmpegによりコマンドライン上で行うことができますので、その手順を解説します。 （昔はAdobe Premiereに大量の画像ファイル…

岩波書店から出版された、分子レベル〜人体レベルまでの生命シミュレーション研究を概観した本を読み始めました。計算と生命 (岩波講座 計算科学 第4巻)作者: 柳田敏雄,木下賢吾,笠原浩太,木寺詔紀,林重彦,江口至洋,高木周出版社/メーカー: 岩波書店発売日: …

タンパク質ＭＤシミュレーションで使われる代表的な力場としてAmber, GROMOS, CHARMM, OPLS 等があります。各力場パラメータにはαヘリックス・βシートといった二次構造のどれを形成しやすいかという傾向があります。各種力場を使ったＭＤ計算での二次構造形…

Hadoop HDFS上ファイルのレプリケーション数の変更は hdfs dfs -setrep により行います。（バージョンによっては hadoop dfs -setrep） # HDFS上ファイル /user/hoge.txt のレプリカ数を４に変更 hdfs dfs -setrep 4 /user/hoge.txt # HDFS上ディレクトリ /u…

先日設備点検に伴う停電があったのですが、その際の全Hadoop HDFSノードのシャットダウン・再起動により危うくデータを失うところでした。 レプリケーション３ならば２ノードまでの障害は大丈夫 HDFSはデフォルトでレプリケーション数が３であり、３台のデー…

シミュレーションで得られたテラバイトオーダーの大量のデータを解析し、最終的にはExcelやWord等の図表、論文原稿としてまとめます。 この「まとめファイル」編集はWindowsマシンのHDD上で行うことが普通であり、頻繁にバックアップを取るよう努めています…

目次は http://www.chemistry.or.jp/journals/kakou/cimok/ci12-12.pdf で見れます（PDFです）。 ペットケアの科学 p.927- ここ数年の犬・猫の飼育数は増えており、犬が1200万頭、猫が950万頭という数になっている。中高年の子育てを終えた世代がペットを飼…

PDBフォーマット タンパク質構造データベース（PDB）には、X線結晶解析・NMR等の手法で測定されたタンパク質や塩基等の生体高分子の立体構造が登録されています。その情報はPDBファイル形式（座標データ部分のフォーマット詳細はこのリンク先を参照）で取得…

下記のように複数のファイル（ファイル名はd1.txt, d2.txt, d3.txtとする）に列データが分散している状態から、単一ファイルにまとめるシェルコマンド・スクリプトを紹介します。 cat d*.txt ==> d1.txt <== 1.00 11.575308 2.00 11.388116 3.00 11.786263 4…

以前に分子動力学シミュレーションの水モデルとしてTIP3Pモデルが最も良く使われていることを調べました。（分子動力学計算で使われる水モデルの構造と使用頻度） その時にも書きましたが、TIP3Pモデルには拡散係数が実験値より２倍以上大きいという欠点があ…

ＭＤ計算専用計算機Antonにより通常の計算機とは別格のＭＤ計算速度を実現し、ミリ秒スケールの桁違いに長いシミュレーションを実現したことで有名なアメリカの研究所 D E Shaw Research とその主催者 David E.Shaw博士についてまとめました。参考資料 http:…

ヘリウム原子を内包しているフラーレン（C60）とドデカヘドラン（C20H20）の分子シミュレーションを実行し、動画を作成しました。 フラーレンだと広い空洞内をHe原子は動き回ることができますが、ドデカヘドランではほとんど身動きが取れないことがわかりま…

昨日行ったHe-He間距離に対する結合エネルギーカーブをＲによってフィッティングしてみました。6-12 LJ型の関数およびモース型関数に対してフィッティングを行いました。 6-12 LJ型関数 εは平衡距離での結合エネルギー（前回MO計算では 0.00152 kcal/mol）、…

ヘリウム（He）原子を含む系のＭＤ計算を行おうとしたところ、AMBERのGAFF汎用力場にHe原子の6-12レナードジョーンズ（LJ）相互作用パラメータが存在せず、さらに少し調べた範囲では数値が出てこなかった。（Universal Force Field の論文にはLJ関数パラメー…

MD計算やMO計算を実行するための初期構造は単純な分子であれば自分の手で作成することも可能ですが、複雑な分子では手作業での作成は大変です。 そのような場合はデータベースからX線回折等の実験により得られた結晶構造を用いることになります。 生体高分子…

分子動力学（MD）計算において最も頻繁に使われる分子として水分子H2Oがあります。 水そのものの性質を調べることはもちろん、それ以外にも水溶媒中の生体高分子等の計算にも水分子は必要であり、そのモデルの正確性は結果に大きく影響し重要です。 ３相互作…

先日シンドラー社製エレベータで死亡事故があったことを受けて、同社製のエレベータの緊急点検を実施するまでの間は極力エレベータを使わないようにという通知がありました。 そこでエレベータでなく階段を使うことで、どれだけカロリーを消費できるのかを見…

本日、文化功労者に理論化学・計算化学分野における大家である諸熊奎治（もろくま けいじ）先生が選ばれたというニュースがありました。 ONIOM法の開発者 諸熊先生はGaussian等の分子軌道（ＭＯ）計算プログラムに実装されているＯＮＩＯＭ法の開発者として…

分子の構造やスペクトル等の性質を計算する分子軌道（ＭＯ）計算において、適度な計算量で電子相関を取り込めることから密度汎関数（ＤＦＴ）法がよく使われます。新版 すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)作者: 武次徹也,平尾公彦…

Ｒには手軽に三次元描画を行うことができるライブラリ rgl が含まれています。 このライブラリを使うには、まずＲコマンドライン上でライブラリインストールを行います。 install.packages("rgl") # CRNのミラーサイトを聞かれたら近い場所（Japan(Tokyo)等…

科研費申請の季節です。 多くの大学の教員は科研費締切に向けて研究計画書作成に大忙しです。 研究計画では予算が当たったら何に使うのかを記述する必要があります。 そこで今日は100万円をマシン購入に振り向けたとして、どれだけの計算機資源を確保できる…

福島での大地震・大津波をきっかけに生じた深刻な原子力発電所の事故のため、原子力発電所の再稼働が実質的に不可能になっています。 現時点では、関西電力の大飯原発３・４号機を例外として全原発が停止中です。 このために電力需要ピークを乗り切るための…

(Hadoop 0.21.0環境） 多数ノードで一斉に tasktracker や datanode を起動する際には $HADOOP_HOME/bin/start-mapred.sh $HADOOP_HOME/bin/start-dfs.shを、また各ノードで起動する際には $HADOOP_HOME/bin/hadoop-daemon.sh start tasktracker $HADOOP_HOM…

Hadoopジョブを実行しているとよく map や reduce 処理でヒープ領域が足りないというエラーに遭遇します。例えばこれは reduce 実行時にヒープ領域が足りないというエラーメッセージの一部です。(Hadoop 0.21.0 の場合) org.apache.hadoop.mapreduce.task.re…

ちょくちょくcshとbashの両方の設定ファイル（.cshrc, .bashrc）を書く必要があり、そのたびにそれぞれ環境変数の設定やらif文やらの書き方やらが違って混乱するので、まとめておきます。 cshの場合 if ( `hostname` =~ hd* || `hostname` == hserver ) then…

Haodop の可変長int型である VIntWritable クラスによって出力したバイナリデータをＣ言語で読み込むルーチンを作成したのですが、バイナリデータを数値に変換する際に、 VIntWritable は負数を２の補数でなく１の補数で出力していたことに気付かなかったた…

HadoopのSequenceFileフォーマットで記録されたデータを直接読み込む必要性が生じましたので、SequenceFileのフォーマットを調査しました。 なおこの調査はバージョン 0.21.0 で行いました。下図は実際に読み込み処理を作成する必要のあるSequenceFileをバイ…

Windows7マシンからインターネット越しにローカルＬＡＮ内部に位置する samba サーバに接続できれば便利だということで調べたところ、方法がわかり実際に接続可能になりましたので手順をまとめておきます。なお以下のサイトの記述を参考にしました。 http://…