生物物理計算化学者の雛

主に科学に関する諸々を書き留めています。

2012-12-01から1ヶ月間の記事一覧

火力発電所の環境アセスメント迅速化って?

3.11東北地方太平洋沖地震での福島原発事故以来原子力発電所が順次停止し、夏冬の需要ピーク期の電力供給が綱渡り状態となっています。 この状況を受けて環境アセスメントを迅速化することで、火力発電所の建設期間短縮を目指す動きが報道されています。 htt…

3U12ノードの高集積サーバ is coming soon

サーバ筺体・ベアボーンメーカーであるsupermicro社のウェブサイトに良さそうな新製品の情報が載っていました。 3Uサイズの筺体に12ノードを搭載できる製品であり、「Coming Soon」となっているので近いうちに発売開始されるようです。 各ノードの概要は以下…

ffmpegによる連番画像ファイルから動画への変換

MD計算結果等の動画を作成する際には、まず連番画像ファイルをbmpやpng等の形式で作成し、それを動画に変換します。 この変換はffmpegによりコマンドライン上で行うことができますので、その手順を解説します。 (昔はAdobe Premiereに大量の画像ファイル…

わずかなアミノ酸残基の違いにより異なるフォールド構造になるタンパク質

岩波書店から出版された、分子レベル〜人体レベルまでの生命シミュレーション研究を概観した本を読み始めました。計算と生命 (岩波講座 計算科学 第4巻)作者: 柳田敏雄,木下賢吾,笠原浩太,木寺詔紀,林重彦,江口至洋,高木周出版社/メーカー: 岩波書店発売日: …

各種MD力場によるβヘアピン構造形成の比較動画

タンパク質MDシミュレーションで使われる代表的な力場としてAmber, GROMOS, CHARMM, OPLS 等があります。各力場パラメータにはαヘリックス・βシートといった二次構造のどれを形成しやすいかという傾向があります。各種力場を使ったMD計算での二次構造形…

HDFS保存ファイルのレプリカ数を変更する

Hadoop HDFS上ファイルのレプリケーション数の変更は hdfs dfs -setrep により行います。(バージョンによっては hadoop dfs -setrep) # HDFS上ファイル /user/hoge.txt のレプリカ数を4に変更 hdfs dfs -setrep 4 /user/hoge.txt # HDFS上ディレクトリ /u…

全データノード再起動時は3台以上の同時故障が起こりやすく、Hadoop HDFSデータは要注意

先日設備点検に伴う停電があったのですが、その際の全Hadoop HDFSノードのシャットダウン・再起動により危うくデータを失うところでした。 レプリケーション3ならば2ノードまでの障害は大丈夫 HDFSはデフォルトでレプリケーション数が3であり、3台のデー…

GlusterFSによるリアルタイムバックアップ多重化

シミュレーションで得られたテラバイトオーダーの大量のデータを解析し、最終的にはExcelやWord等の図表、論文原稿としてまとめます。 この「まとめファイル」編集はWindowsマシンのHDD上で行うことが普通であり、頻繁にバックアップを取るよう努めています…

化学と工業2012年12月号の内容

目次は http://www.chemistry.or.jp/journals/kakou/cimok/ci12-12.pdf で見れます(PDFです)。 ペットケアの科学 p.927- ここ数年の犬・猫の飼育数は増えており、犬が1200万頭、猫が950万頭という数になっている。中高年の子育てを終えた世代がペットを飼…

PDBファイルをExcelで編集する

PDBフォーマット タンパク質構造データベース(PDB)には、X線結晶解析・NMR等の手法で測定されたタンパク質や塩基等の生体高分子の立体構造が登録されています。その情報はPDBファイル形式(座標データ部分のフォーマット詳細はこのリンク先を参照)で取得…

複数ファイルの列データを1ファイルにまとめる

下記のように複数のファイル(ファイル名はd1.txt, d2.txt, d3.txtとする)に列データが分散している状態から、単一ファイルにまとめるシェルコマンド・スクリプトを紹介します。 cat d*.txt ==> d1.txt <== 1.00 11.575308 2.00 11.388116 3.00 11.786263 4…