Hadoop HDFS上ファイルのレプリケーション数の変更は hdfs dfs -setrep により行います。(バージョンによっては hadoop dfs -setrep)
# HDFS上ファイル /user/hoge.txt のレプリカ数を4に変更 hdfs dfs -setrep 4 /user/hoge.txt # HDFS上ディレクトリ /user/hogeDir 以下全ファイルのレプリカ数を4に変更 hdfs dfs -setrep -R 4 /user/hogeDir
ちなみに、各データノードの容量使用率がばらついていて利用率を均等にしたい場合、いったんデータのレプリカ数を増やし、レプリケーション数増加終了後にレプリカ数を減らすことで、容量使用率のばらつきを減らすことができます。