結晶構造や電子密度等を可視化するフリーのソフトウェアVESTAを紹介します。
Windows、Mac OS、Linux版があります。
http://jp-minerals.org/vesta/jp/
CIF, PDB, Chem3D, XMol, VASP等の多彩な構造データファイルの読み込み・書き出しが可能です。
以前は有償ソフトの Material Studio でCIFからPDB形式に変換していたのですが、今 Material Studio が使えないので、フォーマット変換でもVESTAを重宝しています。
錯体やゼオライト等の複雑な構造もうまく表示でき、かなり使い勝手は良いのでオススメです。