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生物物理計算化学者の雛

主に科学に関する諸々を書き留めています。

メールサーバの .imap.index が壊れたことに由来するメール送受信エラー対応

Linuxメールサーバの挙動がおかしかったため再起動をしたところ復旧したのですが、特定ユーザのみメール送受信がタイムアウトしてしまいうまくいかない現象が起きました。メールサーバは Postfix + Dovecot による構成です。 メールのログファイル /var/log/…

CentOSでGanglia可視化のためのhttpdサービスが起動不能になったことに対応

多数マシンの稼働状況を監視するプログラムGangliaでhttpdサービスによりブラウザ上での可視化を提供していたマシン(CentOS 5.5)にトラブルがあり再起動をしました。 Gangliaによる監視 ところが再起動してもGangliaの表示がされないため調べてみたところ…

WindowsとLinuxの改行コード変換

WindowsとLinux(とOS9以前のMac)では改行コードが以下のように異なります。 OS 改行コード 文字コード Windows CR+LF \r\n Linux LF \n Mac (OS9以前) CR \r Linux上でプログラムを実行する際に、入力ファイルの文字コードがWindowsのものになっていると…

実行中プログラムの一時停止、再開

シミュレーション実行は場合によっては数週間・数カ月という長時間が必要となります。 その実行中のマシンで他のプログラムを短時間だけ使いたい、という状況は複数人でマシンをシェアしている場合にはよく起こります。 その場合、実行中プログラムを一時停…

ffmpegによる連番画像ファイルから動画への変換

MD計算結果等の動画を作成する際には、まず連番画像ファイルをbmpやpng等の形式で作成し、それを動画に変換します。 この変換はffmpegによりコマンドライン上で行うことができますので、その手順を解説します。 (昔はAdobe Premiereに大量の画像ファイル…

GlusterFSによるリアルタイムバックアップ多重化

シミュレーションで得られたテラバイトオーダーの大量のデータを解析し、最終的にはExcelやWord等の図表、論文原稿としてまとめます。 この「まとめファイル」編集はWindowsマシンのHDD上で行うことが普通であり、頻繁にバックアップを取るよう努めています…

Windows7マシンによりSSHトンネリング経由でsambaを利用する手順

Windows7マシンからインターネット越しにローカルLAN内部に位置する samba サーバに接続できれば便利だということで調べたところ、方法がわかり実際に接続可能になりましたので手順をまとめておきます。なお以下のサイトの記述を参考にしました。 http://…

CPU周波数上限の制御による消費電力「量」削減

先日の記事(CPU周波数上限の制御による消費電力低減)に「消費電力「量」が気になる」というコメントがありましたので、少し考えてみました。なお計算実行中の消費電力は先日測定した消費電力最大値を取り続けると仮定して考えます。 計算実行時のみマシ…

CPU周波数上限の制御による消費電力低減

LinuxマシンではCPUの動作上限周波数を変更することが可能です。 (ここでの操作は Fedora, CentOS の両者で動作することを確認しました) この機能によって周波数上限を下げることで、マシンの消費電力を下げることができます。 なお、周波数上限を下げ…

CentOS6.2, CentOS6.4へのRインストール

CentOS 6.2マシンへのRインストールに結構手こずったので、インストール手順を記録しておきます。 (2014/6/11追記)CentOS 6.4マシンにも同様にインストールできました。 Rはデフォルトではyumによるインストールはできず、epelからインストールする必要が…

CentOSにおけるintel CPU ターボブースト動作の確認

先日SandyBridge世代CPUの新しい計算機が使えるようになりましたので、従来のマシンとシミュレーション計算時間の比較を行いました。 ・新マシン Xeon E5-2630 2.3GHz 6 core (TurboMax 2.8GHz) ・旧マシン Xeon X5680 3.33GHz 6 core (TurboMax 3.6GHz) ・…