以前に分子動力学シミュレーションの水モデルとしてTIP3Pモデルが最も良く使われていることを調べました。（分子動力学計算で使われる水モデルの構造と使用頻度） その時にも書きましたが、TIP3Pモデルには拡散係数が実験値より２倍以上大きいという欠点があ…

ＭＤ計算専用計算機Antonにより通常の計算機とは別格のＭＤ計算速度を実現し、ミリ秒スケールの桁違いに長いシミュレーションを実現したことで有名なアメリカの研究所 D E Shaw Research とその主催者 David E.Shaw博士についてまとめました。参考資料 http:…

ヘリウム原子を内包しているフラーレン（C60）とドデカヘドラン（C20H20）の分子シミュレーションを実行し、動画を作成しました。 フラーレンだと広い空洞内をHe原子は動き回ることができますが、ドデカヘドランではほとんど身動きが取れないことがわかりま…

昨日行ったHe-He間距離に対する結合エネルギーカーブをＲによってフィッティングしてみました。6-12 LJ型の関数およびモース型関数に対してフィッティングを行いました。 6-12 LJ型関数 εは平衡距離での結合エネルギー（前回MO計算では 0.00152 kcal/mol）、…

ヘリウム（He）原子を含む系のＭＤ計算を行おうとしたところ、AMBERのGAFF汎用力場にHe原子の6-12レナードジョーンズ（LJ）相互作用パラメータが存在せず、さらに少し調べた範囲では数値が出てこなかった。（Universal Force Field の論文にはLJ関数パラメー…

MD計算やMO計算を実行するための初期構造は単純な分子であれば自分の手で作成することも可能ですが、複雑な分子では手作業での作成は大変です。 そのような場合はデータベースからX線回折等の実験により得られた結晶構造を用いることになります。 生体高分子…

分子動力学（MD）計算において最も頻繁に使われる分子として水分子H2Oがあります。 水そのものの性質を調べることはもちろん、それ以外にも水溶媒中の生体高分子等の計算にも水分子は必要であり、そのモデルの正確性は結果に大きく影響し重要です。 ３相互作…

先日シンドラー社製エレベータで死亡事故があったことを受けて、同社製のエレベータの緊急点検を実施するまでの間は極力エレベータを使わないようにという通知がありました。 そこでエレベータでなく階段を使うことで、どれだけカロリーを消費できるのかを見…