生物物理計算化学者の雛

主に科学に関する諸々を書き留めています。

2013-01-01から1年間の記事一覧

Hadoopをコア数の多いマシンで使う場合はユーザプロセス数上限も増やす必要あり

先日導入した 24 CPUコア搭載マシン( Xeon E5-2697v2 搭載24コアマシンの性能と消費電力をチェック - 生物物理計算化学者の雛 )で Map スロット数 24 でHadoopジョブを流したところ、Map処理21本は正常に流れるが、残り3本はエラーで停止してブラックリス…

ポータブルBDプレーヤーBDP-Z1を購入

今日発売日のソニーのポータブルブルーレイディスクプレーヤーBDP-Z1を購入しました。 発売日は2013年12月21日となっていますが、ソニーストアでの先行予約販売で今日届きました。ソニー ポータブルブルーレイディスク/DVDプレーヤー BDP-Z1出版社/メーカー:…

iPhone4からiPhone5Sに移行

これまでiPhone4を使っていたのですが、先日iPhone5Sに機種変更をしてきました。 左がiPhone5S、右がiPhone4 縦長になり、より軽くなった iPhone5Sではディスプレイがより縦長になっており、アイコンがiPhone4では縦に4+1個表示されていたものが5+1個表示さ…

CentOSでGanglia可視化のためのhttpdサービスが起動不能になったことに対応

多数マシンの稼働状況を監視するプログラムGangliaでhttpdサービスによりブラウザ上での可視化を提供していたマシン(CentOS 5.5)にトラブルがあり再起動をしました。 Gangliaによる監視 ところが再起動してもGangliaの表示がされないため調べてみたところ…

理系のための人生設計ガイド 坪田一男著

ブルーバックスから発売されている「理系のための人生設計ガイド」を読みました。理系のための人生設計ガイド―経済的自立から教授選、会社設立まで (ブルーバックス)作者: 坪田一男出版社/メーカー: 講談社発売日: 2008/04/22メディア: 新書購入: 12人 クリ…

はてなダイアリーからはてなブログに引っ越しました

先月末(10/31)からなぜかGoogle Analyticsに集計されるアクセス履歴がモバイルからのアクセス(URLに /touch/ がつくもの)のみしか集計されなくなりました。調べてみても対応策がわからなかったので、これをきっかけに以前から考えていたはてなダイアリー…

Xeon E5-2697v2 搭載24コアマシンの性能と消費電力をチェック

先月記事にしたように(Ivy Bridge世代のXeon E5-2600 V2 の最上位CPUを比較)、2 CPU構成が可能なIvy Bridge世代のワークステーション向け新CPU Xeon E5-2600 v2シリーズが発売されています。先日、最上位の12コアCPU Xeon E5-2697 v2 を2CPU搭載したマシン…

ノーベル化学賞を共同受賞したWarshelとKarplusは複雑な人間関係?

昨日発表があった2013年のノーベル化学賞は、Martin Karplus, Michael Levitt, Arieh Warshel の3人がマルチスケールシミュレーションの業績で共同受賞しました。3人は分子動力学計算プログラムCHARMMの開発等で共同で研究していた時期があるため友好的な…

2013年ノーベル化学賞は多階層シミュレーション(QM/MM計算)の3人に

さきほど2013年ノーベル化学賞が発表され、 Martin Karplus, Michael Levitt, Arieh Warshel の3人が「for the development of multiscale models for complex chemical systems (複雑な化学系のマルチスケールモデルの開発に対して)」の仕事で受賞しました…

2013年ノーベル生理学・医学賞「小胞輸送」について3時間で勉強してまとめてみた

先ほど今年のノーベル生理学・医学賞が発表されました。http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2013/press.html受賞者は「小胞輸送」という現象の解明をしたアメリカの3教授(James E. Rothman, Randy W. Schekman and Thomas C. Sudh…

Ultrabook にピッタリなUSB3.0 から (ギガビット有線LAN+USB3.0×3) に接続するアダプタを購入

先日購入した Vaio Pro11 には有線LAN接続が無く(ACアダプタに接続するワイヤレスルータはありますが)、大量のデータをやりとりする時には有線LANのギガビットイーサネットによる高速データ転送を行いたくなります。そのためギガビット有線LANを接続可能な…

博士課程に進む人が(主に経済的な面で)覚悟しておくべきこと

データ分析業界の博士人材がアカデミア(学術界)から民間のコンサルタント等に転身しているひとが多いという記事がありました。ここ最近の博士人材の動向を見ながら感じていること -銀座で働くデータサイエンティストのブログ-大学の助教・講師・准教授・教…

海外出張の時はスーツケースに目印をつけて写真を撮っておこう

この記事を読んで以前出張時に空港でスーツケースが出てこなかったトラブルに遭ったときのことを思い出しました。英語が、だめだ・・ - 女性教授奮闘記 from Toyama -日本を出発してマレーシア・クアラルンプールの空港に到着したのですが、自分のスーツケー…

Ivy Bridge世代のXeon E5-2600 V2 の最上位CPUを比較

デュアルCPU構成の標準的なサーバ・ワークステーションで使われるXeon E5シリーズの新世代CPU Xeon E5-2600 v2 シリーズが発売されました。怒涛の12コア24スレッド“Ivy Bridge-EP”Xeon E5-2600 v2降臨 (CPUリスト表あり)CPU性能の高いマシンを調達するぞー…

消費税増税は日本の景気を永続的に悪化させるからやめたほうがいいんじゃないかなぁ

私にとってものすごく腑に落ちる消費税増税のマイナス面の解説記事を見つけました。 簡単に言えば(下に要旨もありますが)消費税増税の影響は、住宅や自動車などの特に高額の耐久消費財に選択的、集中的に現れると考えられます。※所得が伸びない中、増税で…

検査をすると見つかる甲状腺がんって結構多い(超音波検査で0.5%の発見率)

昨日(2013/8/20)福島県の甲状腺がんのスクリーニング検査で約19万3千人に対して18人が甲状腺がん、25人が甲状腺がんの疑い、1人が良性だと診断されたニュースがありました。 福島の子どもの甲状腺がん、疑い含め44人に 16人増疑い例を含めれば 44/193,…

今後の日本国内での資金の流れを予想してみる

先日、日本の借金額が1,000兆円を突破したことがニュースになりました。 初の1000兆円突破=「国の借金」膨張止まらず―1人当たり792万円・6月末私はこの国の借金増加自体はさほど大きな問題ではないと認識しています。 参考:政府の負債という「幽霊」を恐れ…

「1歳未満の乳児は週一晩母親と離れると精神が不安定になる」の原論文をチェック

今日こんな記事を見つけました。生後12ヶ月未満の乳児は、週に一晩でも母親と離れて暮らすと精神が不安定になる:米調査結果 生後12ヶ月未満の赤ちゃんで1週間に一晩かそれ以上母親と離れて暮らしている子は、精神が不安定で、母親との結束が弱いことが明ら…

ブログ2周年を機に過去を振り返る(後半)

少し間が空きましたが、前回記事(ブログ2周年を機に過去を振り返る(前半))の続きとして今年に入ってからを振り返ります。 純粋な科学ネタでホットエントリ入りし、週間 5,000 PV を達成 年明けに絶対零度より低温の気体を実証というネタがホットエント…

ブログ2周年を機に過去を振り返る(前半)

私がこのブログを書き始めて2年間が経ったので、記念にこのブログの過去を振り返っておきます。 ブログ1年目 2011年7月2日〜2012年7月1日 ほとんど放置 このブログを開始したのは2011年7月2日で、書き始めたきっかけは Hadoop ネタをブログに書いておくと…

VAIO Pro ワイヤレスルータ VGP-WAR100 で固定IPアドレスのLANに接続する

VAIO Pro 11/13 には有線LAN端子が無いですが、アクセサリであるワイヤレスルータ VGP-WAR100 経由でインターネット接続を行うことができます。ソニー VAIO Pro13/11/Duo13専用 ワイヤレスルーター VGP-WAR100出版社/メーカー: ソニー発売日: 2013/06/22メデ…

VAIO Pro 11 到着!スピーカとSSD残り容量をチェック&感想

今日の朝、ソニーストアに注文していたVAIO Pro 11 がヤマト宅急便で到着しました。 箱を受け取った時の軽さにはちょっと感動してしまいました。 外箱の中にVAIO Pro 11 が入った黒い箱と、アクセサリ2つ(ワイヤレスルーター、HDMI-VGA変換ケーブル)が入…

VAIO Pro 11 の消費電力を実測し、バッテリー駆動時間を見積もった

前回記事(VAIO Pro 11 到着!スピーカとSSD残り容量をチェック&感想)に続き、今回はVAIO Pro 11 の消費電力を測定を行いました。(6/30 バッテリー駆動時間実測結果を追加)消費電力の測定にはワットチェッカーを利用し、サンワサプライ ワットチェッカー…

Adobe Creative Cloud アカデミック版 月3,000円に値下げの連絡

昨日 Adobe から「Creative Cloudに関する重要なお知らせ」というメールが届きました。Creative Cloud アカデミック版の料金が月4,000円から月3,000円に値下げされ、次の支払から反映されるという連絡でした。 学生・教職員個人版の新価格ならびに新バージョ…

少なくとも自分の専門分野ではケタがおかしな数字に気付けるようになろう

こんな記事が上がっていました。今日生産される研究論文の膨大な量は個人が正しく選別すること不可能, そこでSciencescapeがお助けに内容としては近年膨大な数の論文が発表されるようになりまともに全部チェックすることは不可能になりつつあるので、多数の…

Windows 8のウルトラブックで使えるドッキングステーションを調べてみた

以前記事にしたように(VAIO Pro 11 を注文―VAIO Pro 13, Duo 13との比較結果―)今週末(2013/6/23(日))に VAIO Pro 11 が届く予定です。出先から家や職場に戻る度に、USBマウス・キーボードを繋いで、有線LANを繋いで(VAIO Pro 11には有線LANの口はありま…

太陽系の惑星運動シミュレーションと分子動力学計算のスケールを比較

ふとしたきっかけで、地球と火星が数十億年後に衝突する可能性があるよー、というシミュレーション研究が数年前に話題になっていたことを思い出し、元記事を見つけました。35億年後、地球が火星と衝突する?パリ天文台が試算論文で主張している結果について…

論文―遺伝子組み換え穀物で育ったブタ、深刻な胃炎リスク増大―の統計学的検定を検算してみた

R

遺伝子組み換え穀物のみを飼料として与えたブタは、通常の穀物飼料で育てた場合よりも胃炎を発症する確率が大幅に高いことを示した論文が発表されました。実験条件等についてはこちらの記事を参考にしてください。 遺伝子組み換え穀物で育ったブタ、胃炎リス…

VAIO Pro 11 を注文―VAIO Pro 13, Duo 13との比較結果―

先日書いたように(新作VAIO(Pro 13, Duo 13)をVaio Z (Z11) と比較)、先行情報から分かる範囲で検討した結果 VAIO Pro 13 を買う気マンマンだったのですが、最終的に VAIO Pro 11 を発注してしまいました。スペックは VAIO Pro 11 最安構成(Core i5-420…

新作VAIO(Pro 13, Duo 13)をVaio Z (Z11) と比較

Intelの新世代CPU(Haswell)搭載ノートPCの新作として、ソニーからVAIO Pro 11, 13, Vaio Duo 13 が発表されました。ソニー VAIO Duo 13発表。Duo 11と重さ同等で13インチ画面の改良版 Sony Unveils VAIO〓 Duo 13 and VAIO〓 Pro 13/11 Ultrabook〓現…