先日の記事（ＣＰＵ周波数上限の制御による消費電力低減）に「消費電力「量」が気になる」というコメントがありましたので、少し考えてみました。なお計算実行中の消費電力は先日測定した消費電力最大値を取り続けると仮定して考えます。 計算実行時のみマシ…

山中伸弥教授が「成熟細胞が初期化され多能性をもつことの発見」により２０１２年度ノーベル医学生理学賞を受賞されました。 大変喜ばしいことです。 iPS細胞のもつ履歴 iPS細胞と関連する話として、先月開催された分子科学討論会の特別講演で発生生物学の大…

LinuxマシンではＣＰＵの動作上限周波数を変更することが可能です。 （ここでの操作は Fedora, CentOS の両者で動作することを確認しました） この機能によって周波数上限を下げることで、マシンの消費電力を下げることができます。 なお、周波数上限を下げ…

複数コアによる並列ＭＤシミュレーションを実行していた際に、特定のマシンでのみＣＰＵ使用率が１００％に貼りつかず、計算速度が１００％使用時の半分程度まで落ちてしまう現象に遭遇しました。最終的にスイッチングハブのＬＡＮケーブル接続ポートを変更…

日本化学会の月刊誌「化学と工業」の２０１２年１０月号が届いたのでざっと読んで印象の残った部分の感想を書きます。 目次は http://www.chemistry.or.jp/journals/kakou/cimok/ci12-10.pdf で見れます（PDFです）。 p.753- 目をサポートする化学 メガネや…

CentOS マシンに AMBER12 のインストールを行ったので手順をまとめておきます。 なお詳細な情報が http://jswails.wikidot.com/installing-amber12-and-ambertools-12 （ただし英語）にまとまっています。原因は不明ですが CentOS 6.2 マシンではコンパイル…

2013/08/21 福島県の甲状腺がんのスクリーニング検査で約19万3千人中44人ががんと確定、または疑いとなったニュースを受けて続きの記事を書きました 検査をすると見つかる甲状腺がんって結構多い（超音波検査で0.5%の発見率）2013/02/13 そもそもこの記事の…

３年ぶりに動画を作ってニコニコに投稿しました。後で少し解説を書こうと思いますが、ひとまず報告だけ。

CentOS 6.2マシンへのRインストールに結構手こずったので、インストール手順を記録しておきます。 （2014/6/11追記）CentOS 6.4マシンにも同様にインストールできました。 Rはデフォルトではyumによるインストールはできず、epelからインストールする必要が…

先日SandyBridge世代CPUの新しい計算機が使えるようになりましたので、従来のマシンとシミュレーション計算時間の比較を行いました。 ・新マシン Xeon E5-2630 2.3GHz 6 core (TurboMax 2.8GHz) ・旧マシン Xeon X5680 3.33GHz 6 core (TurboMax 3.6GHz) ・…

※本記事ではうるう秒によるjavaの異常と、それに伴って生じたHadoop 0.21.0 HDFSのメタデータ破損からの復旧手順を説明します。なお、本復旧手順は私の環境で上手くいっただけであり、他の環境で同様の手順を行ったとしても復旧できる保証はありませんので、…