分子動力学（MD）計算において最も頻繁に使われる分子として水分子H2Oがあります。 水そのものの性質を調べることはもちろん、それ以外にも水溶媒中の生体高分子等の計算にも水分子は必要であり、そのモデルの正確性は結果に大きく影響し重要です。 ３相互作…

先日シンドラー社製エレベータで死亡事故があったことを受けて、同社製のエレベータの緊急点検を実施するまでの間は極力エレベータを使わないようにという通知がありました。 そこでエレベータでなく階段を使うことで、どれだけカロリーを消費できるのかを見…

本日、文化功労者に理論化学・計算化学分野における大家である諸熊奎治（もろくま けいじ）先生が選ばれたというニュースがありました。 ONIOM法の開発者 諸熊先生はGaussian等の分子軌道（ＭＯ）計算プログラムに実装されているＯＮＩＯＭ法の開発者として…

分子の構造やスペクトル等の性質を計算する分子軌道（ＭＯ）計算において、適度な計算量で電子相関を取り込めることから密度汎関数（ＤＦＴ）法がよく使われます。新版 すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)作者: 武次徹也,平尾公彦…

Ｒには手軽に三次元描画を行うことができるライブラリ rgl が含まれています。 このライブラリを使うには、まずＲコマンドライン上でライブラリインストールを行います。 install.packages("rgl") # CRNのミラーサイトを聞かれたら近い場所（Japan(Tokyo)等…

科研費申請の季節です。 多くの大学の教員は科研費締切に向けて研究計画書作成に大忙しです。 研究計画では予算が当たったら何に使うのかを記述する必要があります。 そこで今日は100万円をマシン購入に振り向けたとして、どれだけの計算機資源を確保できる…

福島での大地震・大津波をきっかけに生じた深刻な原子力発電所の事故のため、原子力発電所の再稼働が実質的に不可能になっています。 現時点では、関西電力の大飯原発３・４号機を例外として全原発が停止中です。 このために電力需要ピークを乗り切るための…

(Hadoop 0.21.0環境） 多数ノードで一斉に tasktracker や datanode を起動する際には $HADOOP_HOME/bin/start-mapred.sh $HADOOP_HOME/bin/start-dfs.shを、また各ノードで起動する際には $HADOOP_HOME/bin/hadoop-daemon.sh start tasktracker $HADOOP_HOM…

Hadoopジョブを実行しているとよく map や reduce 処理でヒープ領域が足りないというエラーに遭遇します。例えばこれは reduce 実行時にヒープ領域が足りないというエラーメッセージの一部です。(Hadoop 0.21.0 の場合) org.apache.hadoop.mapreduce.task.re…

ちょくちょくcshとbashの両方の設定ファイル（.cshrc, .bashrc）を書く必要があり、そのたびにそれぞれ環境変数の設定やらif文やらの書き方やらが違って混乱するので、まとめておきます。 cshの場合 if ( `hostname` =~ hd* || `hostname` == hserver ) then…

Haodop の可変長int型である VIntWritable クラスによって出力したバイナリデータをＣ言語で読み込むルーチンを作成したのですが、バイナリデータを数値に変換する際に、 VIntWritable は負数を２の補数でなく１の補数で出力していたことに気付かなかったた…

HadoopのSequenceFileフォーマットで記録されたデータを直接読み込む必要性が生じましたので、SequenceFileのフォーマットを調査しました。 なおこの調査はバージョン 0.21.0 で行いました。下図は実際に読み込み処理を作成する必要のあるSequenceFileをバイ…

Windows7マシンからインターネット越しにローカルＬＡＮ内部に位置する samba サーバに接続できれば便利だということで調べたところ、方法がわかり実際に接続可能になりましたので手順をまとめておきます。なお以下のサイトの記述を参考にしました。 http://…

先日の記事（ＣＰＵ周波数上限の制御による消費電力低減）に「消費電力「量」が気になる」というコメントがありましたので、少し考えてみました。なお計算実行中の消費電力は先日測定した消費電力最大値を取り続けると仮定して考えます。 計算実行時のみマシ…

山中伸弥教授が「成熟細胞が初期化され多能性をもつことの発見」により２０１２年度ノーベル医学生理学賞を受賞されました。 大変喜ばしいことです。 iPS細胞のもつ履歴 iPS細胞と関連する話として、先月開催された分子科学討論会の特別講演で発生生物学の大…

LinuxマシンではＣＰＵの動作上限周波数を変更することが可能です。 （ここでの操作は Fedora, CentOS の両者で動作することを確認しました） この機能によって周波数上限を下げることで、マシンの消費電力を下げることができます。 なお、周波数上限を下げ…

複数コアによる並列ＭＤシミュレーションを実行していた際に、特定のマシンでのみＣＰＵ使用率が１００％に貼りつかず、計算速度が１００％使用時の半分程度まで落ちてしまう現象に遭遇しました。最終的にスイッチングハブのＬＡＮケーブル接続ポートを変更…

日本化学会の月刊誌「化学と工業」の２０１２年１０月号が届いたのでざっと読んで印象の残った部分の感想を書きます。 目次は http://www.chemistry.or.jp/journals/kakou/cimok/ci12-10.pdf で見れます（PDFです）。 p.753- 目をサポートする化学 メガネや…

CentOS マシンに AMBER12 のインストールを行ったので手順をまとめておきます。 なお詳細な情報が http://jswails.wikidot.com/installing-amber12-and-ambertools-12 （ただし英語）にまとまっています。原因は不明ですが CentOS 6.2 マシンではコンパイル…

2013/08/21 福島県の甲状腺がんのスクリーニング検査で約19万3千人中44人ががんと確定、または疑いとなったニュースを受けて続きの記事を書きました 検査をすると見つかる甲状腺がんって結構多い（超音波検査で0.5%の発見率）2013/02/13 そもそもこの記事の…

３年ぶりに動画を作ってニコニコに投稿しました。後で少し解説を書こうと思いますが、ひとまず報告だけ。

CentOS 6.2マシンへのRインストールに結構手こずったので、インストール手順を記録しておきます。 （2014/6/11追記）CentOS 6.4マシンにも同様にインストールできました。 Rはデフォルトではyumによるインストールはできず、epelからインストールする必要が…

先日SandyBridge世代CPUの新しい計算機が使えるようになりましたので、従来のマシンとシミュレーション計算時間の比較を行いました。 ・新マシン Xeon E5-2630 2.3GHz 6 core (TurboMax 2.8GHz) ・旧マシン Xeon X5680 3.33GHz 6 core (TurboMax 3.6GHz) ・…

※本記事ではうるう秒によるjavaの異常と、それに伴って生じたHadoop 0.21.0 HDFSのメタデータ破損からの復旧手順を説明します。なお、本復旧手順は私の環境で上手くいっただけであり、他の環境で同様の手順を行ったとしても復旧できる保証はありませんので、…

はてなブックマークを眺めていたらこんな記事を発見。 http://ameblo.jp/data-genkou/entry-10492681977.htmlCMYKカラーではシアン（Cyan)、マゼンタ（Magenta）、イエロー（Yellow）、そして黒色を表現するキー・プレート（Key plate）の４種類の成分で色を…

HadoopのデフォルトのスケジューラはFIFO(First In First Out)なので、MapReduceジョブは投入順に実行されます。 そのため長時間かかるMapReduce処理を流していると、他のMapReduce処理は長時間またされることになります。この場合、先に実行したい処理の優…

パワーポイントで図形を半透明にすることができますが、印刷時に縞模様になってしまいます。 Microsoftのサポートページ（http://support.microsoft.com/kb/815001/ja）によるとこれは仕様だから、あきらめて印刷用途では半透明を使わないようにするか、ある…

Hadoopではブラウザ上で以下のようにファイル内容を表示させることができ、ファイルをダウンロードすることが可能です。 しかしながら、私の環境のHadoop-0.21.0では Download this file を押すと以下のようなエラーがでてしまい、ダウンロードできません。 …

大容量データ処理といえば Hadoop!! と大いに流行っていることもあって、最近は Hadoop でいろいろテストしています。少し前に複数ディスクを使うとどれだけ HDFS 読込処理パフォーマンスが向上するか測定したので、その結果を簡単にまとめておきます。 （ht…

最近は大容量データ処理の必要性に迫られて、分散処理についていろいろ調べてますので、それに関連することをまとめていこうと思います。