最近、学会のポスター発表では多くの人がＡ０サイズの大きなポスターを貼っています。 普段よく使うＡ４サイズの紙をポスターとして使うよりも、Ａ０サイズであれば大きな絵を載せることができ、ポスターの見栄えがかなり良くなりますので人気が出ているので…

分子の二面角の回転等、軸の周りを回転することを描画したいケースがあります。 この場合、リボンのような立体感のある矢印が見やすくてよいです。 Adobe Illustrator CS6 での描画手順を解説します。

結晶構造や電子密度等を可視化するフリーのソフトウェアVESTAを紹介します。 Windows、Mac OS、Linux版があります。http://jp-minerals.org/vesta/jp/CIF, PDB, Chem3D, XMol, VASP等の多彩な構造データファイルの読み込み・書き出しが可能です。 以前は有償…

３年半ほど前にYoutubeにアップロードした水のMD動画の再生数が１万再生近くまで増えてきました。 MD計算の動画を見る人というのは、基礎科学の一分野である計算化学に関連のある人が多いでしょうから、再生数が多い国ほど基礎科学が盛んな国であろうと推測…

福島県が 「放射性セシウム濃度の高い米が発生する要因とその対策について~要因解析調査と試験栽培等の結果の取りまとめ~ (概要)」という資料 を公表したことを紹介する記事がありました。米の放射性セシウム数値が示す農家の努力、科学者の献身この記事中で…

液体に不揮発性の溶質を溶かすと、凝固点は降下し、沸点は上昇します。 例えば水に塩を溶かすと、凝固点は±０℃から−０．２℃のように下がり、液相の状態をより低い温度でも保つようになります。今回はなぜ逆の「凝固点上昇・沸点降下」ではなく「凝固点降下・…

シミュレーション実行は場合によっては数週間・数カ月という長時間が必要となります。 その実行中のマシンで他のプログラムを短時間だけ使いたい、という状況は複数人でマシンをシェアしている場合にはよく起こります。 その場合、実行中プログラムを一時停…

電器店で眺めていたら、良さそうな防災デスクライトがあったので購入しました。ソーラー充電式FMラジオ付きデスクライト ソーラー＆手回し&USB充電＆USB出力可能（iPhone4対応） ダイナモ懐中電灯出版社/メーカー: mobeeメディア: 購入: 4人 クリック: 21回…

前回のレーザー原理解説の説明に使った絵は全てIllustratorで作成したものです。 その中で、状態の存在確率を二次元Gauss分布（正規分布）的な絵で表現していましたが、その絵の作成手順を説明しておきます。 なおこの作業はIllustrator CS6で行いました。 …

負の温度（過去記事 絶対温度０度以下の温度って？、マイナス絶対温度を実現した元論文のアブストラクト抄訳＆解説）が話題になっていますので、実際に負の温度を利用しているレーザー発振の原理を解説します。 離散的な状態と、光子との相互作用 レーザー発…

先日書いた簡単な解説（絶対温度０度以下の温度って？）が多くの方に読んでいただけていますので、追加の解説をしておきます。このような科学記事をきちんと理解したいならば、最も重要となるのは「元論文に当たる」ことです。 Scienceの論文（英語） という…

月額固定料金（個人5,000円、アカデミック4,000円）でAdobeのIllustrator, Photoshop, Premiere, After Effects 等全てのCreative Suite CS6 プログラムを利用できるAdobe Creative Cloudを契約して数カ月経ちましたので、使い勝手を書いておきます。 （2013…

Natureに絶対温度０度以下の温度を実現したという記事があり、話題になっているので少し解説をします。絶対零度より低い温度がある （togetter） 絶対零度以下の作成に成功（Nature記事の和訳） Natureの記事（英語） Scienceの論文（英語） 1/7 12:12追記マ…

3.11東北地方太平洋沖地震での福島原発事故以来原子力発電所が順次停止し、夏冬の需要ピーク期の電力供給が綱渡り状態となっています。 この状況を受けて環境アセスメントを迅速化することで、火力発電所の建設期間短縮を目指す動きが報道されています。 htt…

サーバ筺体・ベアボーンメーカーであるsupermicro社のウェブサイトに良さそうな新製品の情報が載っていました。 3Uサイズの筺体に12ノードを搭載できる製品であり、「Coming Soon」となっているので近いうちに発売開始されるようです。 各ノードの概要は以下…

ＭＤ計算結果等の動画を作成する際には、まず連番画像ファイルをbmpやpng等の形式で作成し、それを動画に変換します。 この変換はffmpegによりコマンドライン上で行うことができますので、その手順を解説します。 （昔はAdobe Premiereに大量の画像ファイル…

岩波書店から出版された、分子レベル〜人体レベルまでの生命シミュレーション研究を概観した本を読み始めました。計算と生命 (岩波講座 計算科学 第4巻)作者: 柳田敏雄,木下賢吾,笠原浩太,木寺詔紀,林重彦,江口至洋,高木周出版社/メーカー: 岩波書店発売日: …

タンパク質ＭＤシミュレーションで使われる代表的な力場としてAmber, GROMOS, CHARMM, OPLS 等があります。各力場パラメータにはαヘリックス・βシートといった二次構造のどれを形成しやすいかという傾向があります。各種力場を使ったＭＤ計算での二次構造形…

Hadoop HDFS上ファイルのレプリケーション数の変更は hdfs dfs -setrep により行います。（バージョンによっては hadoop dfs -setrep） # HDFS上ファイル /user/hoge.txt のレプリカ数を４に変更 hdfs dfs -setrep 4 /user/hoge.txt # HDFS上ディレクトリ /u…

先日設備点検に伴う停電があったのですが、その際の全Hadoop HDFSノードのシャットダウン・再起動により危うくデータを失うところでした。 レプリケーション３ならば２ノードまでの障害は大丈夫 HDFSはデフォルトでレプリケーション数が３であり、３台のデー…

シミュレーションで得られたテラバイトオーダーの大量のデータを解析し、最終的にはExcelやWord等の図表、論文原稿としてまとめます。 この「まとめファイル」編集はWindowsマシンのHDD上で行うことが普通であり、頻繁にバックアップを取るよう努めています…

目次は http://www.chemistry.or.jp/journals/kakou/cimok/ci12-12.pdf で見れます（PDFです）。 ペットケアの科学 p.927- ここ数年の犬・猫の飼育数は増えており、犬が1200万頭、猫が950万頭という数になっている。中高年の子育てを終えた世代がペットを飼…

PDBフォーマット タンパク質構造データベース（PDB）には、X線結晶解析・NMR等の手法で測定されたタンパク質や塩基等の生体高分子の立体構造が登録されています。その情報はPDBファイル形式（座標データ部分のフォーマット詳細はこのリンク先を参照）で取得…

下記のように複数のファイル（ファイル名はd1.txt, d2.txt, d3.txtとする）に列データが分散している状態から、単一ファイルにまとめるシェルコマンド・スクリプトを紹介します。 cat d*.txt ==> d1.txt <== 1.00 11.575308 2.00 11.388116 3.00 11.786263 4…

以前に分子動力学シミュレーションの水モデルとしてTIP3Pモデルが最も良く使われていることを調べました。（分子動力学計算で使われる水モデルの構造と使用頻度） その時にも書きましたが、TIP3Pモデルには拡散係数が実験値より２倍以上大きいという欠点があ…

ＭＤ計算専用計算機Antonにより通常の計算機とは別格のＭＤ計算速度を実現し、ミリ秒スケールの桁違いに長いシミュレーションを実現したことで有名なアメリカの研究所 D E Shaw Research とその主催者 David E.Shaw博士についてまとめました。参考資料 http:…

ヘリウム原子を内包しているフラーレン（C60）とドデカヘドラン（C20H20）の分子シミュレーションを実行し、動画を作成しました。 フラーレンだと広い空洞内をHe原子は動き回ることができますが、ドデカヘドランではほとんど身動きが取れないことがわかりま…

昨日行ったHe-He間距離に対する結合エネルギーカーブをＲによってフィッティングしてみました。6-12 LJ型の関数およびモース型関数に対してフィッティングを行いました。 6-12 LJ型関数 εは平衡距離での結合エネルギー（前回MO計算では 0.00152 kcal/mol）、…

ヘリウム（He）原子を含む系のＭＤ計算を行おうとしたところ、AMBERのGAFF汎用力場にHe原子の6-12レナードジョーンズ（LJ）相互作用パラメータが存在せず、さらに少し調べた範囲では数値が出てこなかった。（Universal Force Field の論文にはLJ関数パラメー…

MD計算やMO計算を実行するための初期構造は単純な分子であれば自分の手で作成することも可能ですが、複雑な分子では手作業での作成は大変です。 そのような場合はデータベースからX線回折等の実験により得られた結晶構造を用いることになります。 生体高分子…